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谁知江流儿和潘国兴联手粉碎了他的阴谋，雷凌云只得重返西金棋院并成为掌门。
但他处处和江流儿为敌，曾挑唆武云飞暗算江流儿导致他输掉比赛而心灰意冷，后又暗算了武云飞，但是依旧因为技不如人而输给了方胜。
黑木来到来（大明）后，雷凌云败给黑木，但他和佐佐木勾结残害围棋界高手并为了为了江流儿失败不惜在江流儿的菜里下毒。
最终被‘飞天虎’、‘黑豹’逮捕。
然而，雷凌云依靠叔父雷定远丞相的权势被释放出狱，又当上了明朝皇帝的国师。
教唆皇上先后与郭逢春和方胜等对弈，并利用方胜战胜皇上时对皇上的羞辱为借口，险些处死方胜。
在方胜的寿宴上，雷凌云假惺惺地去祝寿，面对江流儿向方胜的挑战，他又挑拨离间，导致江流儿的名声受损；
接着，他又找到毒蜈蚣道士，用金银财宝得到了神脑丹，在拿到解药后又杀了道士。
在新一届的围棋争霸赛上，雷凌云先是利用神脑丹击败武云飞，再又唆使棋鬼王服下神脑丹导致江流儿失败。
棋鬼王却因此患上头疼病，无法再下棋，使得他成为大明棋圣，但也因为神脑丹的副作用而患上了头痛病。
日本围棋三人组来到大明后，为保大明棋威，雷凌云连服三颗神脑丹对决黑木，不料神脑丹的副作用使他头痛病愈发加重，从而输了棋；
赛后，雷凌云因曾经向皇帝承诺若在与日本棋手对决中败给日本棋手必以死谢天下，所以委托方百花把解药给了棋鬼王，自已则在头痛中死去。
他就是一个为达目的不择手段都人，在成为棋圣的道路中，他坏事做尽，各种卑鄙手段层出不穷，虽然为了民族的声望他力战死在棋盘上，但是这并不能洗刷他是一个邪道棋手反派的事实。
相反他个人的看法是这是在升华一个民族的信念，为了在民族大义上，就算是十恶不赦的恶人依旧愿意为了这个民族舍生取义，这个剧情他要表现的不是雷凌云的浪子回头。
