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此后，方孝孺成为建文帝第一智囊。方孝孺对佛教的态度同他的老师宋濂截然不同，宋濂对诸子百家学说，都抱着一种宽容的态度，他本人作为明初第一大儒，也有许多佛家好友，而方孝孺对佛教则深恶痛绝，认为佛教没有君臣父子夫妇长幼之分，无父无君、无亲无友，败坏伦常，乃是邪教异端。佛经中一些劝人向善的道理，他也认为儒教中已经全都包含在内，所以慕佛不如慕儒，安家治国平天下，独尊儒术足矣。
在方孝孺的影响下，朱允炆下召抑制佛田、限制佛产，对佛教的控制较朱元璋的时候更加严厉。其实尊佛、灭佛在史上反反复复，随着统治者的态度几起几落，这也不是头一回了。这条政策于国于民的功过得失正确与否这里且不论，但有一点却是不容质疑的，那就是：它把佛教弟子推到了朝廷的对立面上。
佛教弟子虽然不会因此就悍然与统治者针锋相对，但是如果有人挑起这面与朝廷为敌的大旗时，他们倾向于谁，站在谁的一面，那就勿庸质疑了。所以到后来朱棣起兵“靖难”时，河南嵩山少林寺就坚决地站到了燕王朱棣一边，派出八百僧兵协助燕王，八百条疯魔棍在战场上所向披靡，为朱棣立下了汗马功劳。
朱允炆抑佛，道衍身为佛教弟子，对朱允炆又哪能有什么好感。私谊公义，无论从哪一边算他都只会把自己和燕王紧紧地绑在一起，与燕王休戚与共，患难不离。朝廷近来频频举动，道衍冷眼旁观，已经断定燕王不造反的话，根本就没有活路。
他也知道，燕王如果造反，从目前的实力来看，无异于以卵击石，但是不反也是死，反尚有一线生机，那为什么不反？古往今来，多少帝王起兵之初，与当朝相比，实力差距之大都是天壤之别，也未必就没有成功的机会。
何况，道衍已经仔细地盘算过，燕王久在边关带兵打仗，现在北平的高级将领虽然被朝廷撤换了许多，但是中低级军官将领中，大部分仍然是燕王统驭过的部下，且对燕王横扫漠北的勇武推崇备至。燕王若登高一呼，他们之中必然有人响应。
