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一是研发投入严重不足，科技含量不高，创新能力薄弱。
目前，我国市场上具有一定知名度的中药，基本都是流传几百年、甚至上千年的“老药”，其生产工艺大多没有改进。比如，六味地黄丸，虽然名称和外包装在不断变化，但是仍沿用张仲景时代的生产工艺。驰名全国的云南白药，生产工艺起源于彝族，也有上百年历史了，同样缺少创新。西药是不断更新换代的，新药研制成功、上市后，那些生产工艺落后的药品就退出市场，比如抗菌药中的土霉素、四环素等，但是，中药从来没有淘汰之说，创新能力低下已严重制约中药产业的快速发展。
二是规模小、产业化程度低，仿、改制品种泛滥市场。企业生产规模普遍偏小，缺乏龙头企业、各自为战，抵御市场风险的能力十分有限。制药企业是一个高技术、高风险、高投入、高回报的产业，而这些小企业用于新药物的开发研究投入微乎其微，技术附加值极高的新制剂的开发也处于落后状态。因此，为了生存需要，“进行有限的仿制”便成为许多企业选择的捷径。
目前，我国新药的审批条件是，只要符合安全、有效的标准就有可能获得批准，有没有优势和特点并不在审批考虑的范围内，这使每年都会有大量新药上市，其中仿、改制品种占有很高比例，新药不“新”。
三是缺乏知识产权保护意识，使“洋中药”大举进入华夏国市场。目前。许多中医药企业、研发机构和科研工作者不谙专利，缺乏品牌意识，结果导致不少我国科技工作者的发明反而由外国人抢先申请了国际专利，如青蒿素、六神丸、牛黄救心丸等，使“洋中药”大肆入侵，给我国中医药的发展带来巨大冲击和经济损失。
四是缺乏完善的中医理论、标准和规范。与西医的“对抗医学”不同，中医属于“平衡医学”，它是依靠药物、非药物疗法调整人体机能，达到治疗的目的和效果，强调的是整体调理、综合治疗。具有鲜明的个xing特点。但是，一直以来，人们对医药疗效的认识，普遍是以西医药的标准来衡量，国际标准也是按西医标准制定。目前我国还没有一个完善的评价中医药疗效的办法和指标，实际上是借鉴西医的评价体系。这不符合中医的治病机理，也不能充分体现中医药的特点和优势。
要发展中药一是要保持中医药的特se。科技部农村与社会发展司生物技术与医药处调研员邹健强接受记者采访时说，事实证明，用西方的科学方法。比如还原论来研究天然药、传统药并不太成功。基因组合的研究证明，每个人之间都有个体差异，中医药的特点是个xing化的、动态的，特别是复方中药。倡导对人体机能的整体平衡、综合调理等，不是简单的抄袭。把丰富的自然资源和历史经验的知识转变为华夏国发展自己民族医药产业的优势，突出并保持其特se是非常重要的。
二是制订中医药的标准和规范，包括中药材的生产、质量控制、流通规范。中医药学名词术语的标准化和释译规范，中医药疗效及安全xing评价规范、国家药典和中药审评标准等，把中医药科学的内涵客观地表达出来。因为只有在规范和标准条件下研究、开发出来的产品才具有稳定xing、可靠xing。因此。突出中医药特se和优势的标准化过程十分重要，而如何处理中医药个xing化和标准的问题也是医药专家必须正视的重要课题。
三是要积极改进中医药能够满足现代市场需求的行医方法。中医已经有2000年的发展历史，但是，直到今天，中医药仅占中国医疗服务市场和中药产业市场的1%。因此，要提高、改善中医药的医疗服务、产业技术水平，以适应现代生活的快节奏。尽管中医采用独具特se的“望闻问切”的诊断方法，但现代医学发展到今天，已经不能只靠感官。作为一门科学，如果需要被人广泛认识和掌握，能够在使用的基础上总结其规律，把经验转化为知识，进而上升为理论指导十分必要。
我国具有丰富的天然药物资源，然而由于过度开发等原因，一些中药材资源濒临枯竭。中药行业的发展高度依赖于资源的可持续和合理利用。中药资源应该在保护的基础上合理利用，建议从以下几方面对中药资源加以保护：1加强中药种植的区域规划，实施中药资源保护和合理利用工程。以保护濒危稀缺中药资源为核心，以中药优质种源繁育、野生资源的抚育、人工种植养殖技术为重点，充分利用荒山、沙漠，配合退耕还林还草和西部开发的战略部署，保障中药资源的可持续利用。2运用高新技术，提高育种水平，开展种子质量评价和研究；发掘新的药用资源、代用品等资源的综合利用研究。3加强中药资源监测和信息采集网络建设；开展重点中药品种的全国中药资源普查。
