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当年明神宗万历皇帝得知菲律宾发生的事情后，也只是如是令道：“吕宋，也着严加晓谕，毋听奸徒煽惑，扰害商民。”
虽然表示了比较严厉的态度，但毫无意义，三大征之后的明朝无力征伐，也不可能为了这事出海大兴兵戈。
明朝地方官员的态度则比较不屑与露骨，福建巡抚徐学聚称：“又海外争夺，未知祸首。中国四民，商贾最贱，岂以贱民，兴动兵戈？兵之反以劳师……”
而清朝官员更加轻蔑，他们的态度基本就是讥诮和不齿——天朝弃民，不惜背弃祖宗庐墓，出洋牟利，朝廷概不闻问；出海汉人，久居番地，自弃王化，被其戕杀多人，实则孽由自作。
不过，在此，后明一度恢复了旧港宣慰司，因而在相当长的一段时间里震慑了西班牙人与荷兰人，但这只是暂时的。
在旧港宣慰司再度失陷后，荷属东印杜公司惊喜的发现自己势力范围内的华侨是那么的富裕，再加上担心这些数量众多的家伙可能会叛乱闹事，于是荷兰人决定剪羊毛！
东印杜公司当局以禁止武器为理由，要求城内华侨交出一切武器，同时命令军队挨家挨户地搜捕华侨，又鼓动本地人参与迫害与抢劫。
长达五天半的血腥迫害结束后，上万人遇难，仅有几十人得以脱身。由于杀戮是如此的“彻底”，而且当时后明正在与之对峙，禁止双方商船来往，所以在许多年里这件事都没有流传开来，直至近代才为人所知晓。
巴达维亚的惨案一直是如今大明上下的心头之恨，三十多年来民间多有提及。
