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《新世纪福音战士》所讲述的，并非是传统基督教的圣经，反而更为接近犹太教的教义，按照犹太经文所说，莉莉丝和撒旦的孩子才是现在的“人类”，而经书上原本的正牌“人类”（亚当的子孙）已经被我们杀灭取代，我们不止取代了人类的地位，还偷取了其历史“出身”，自称人类繁衍至今。
而《新世纪福音战士》的剧情，便是围绕着人类和亚当使徒的战斗而来。
似乎是生命之树在降生了亚当和莉莉丝之后，因为能量涨落现象，最终生成了十七枚生命果实，于是人类作为第十八使徒，只能获得作为替代的智慧果实。
因为没有获得强大的生命力量，人类最终只能分裂成为一个个个体，各奔前程，可是祸兮福所倚，无数年之后，人类反而凭借智慧发展出高度发达的文明，并以世界的主人自居。然而却也因为智慧之果产生了“心之壁”，使人与人之间产生隔阂，心灵中充满冷漠与悲哀。
最终，孤寂感迫使某些人类开始寻找新的生存之道。
在剧情中，人类首先发现了死海文书，然后得知了远古的秘密，随即在发现亚当的尸体后引发第二次冲击，之后不断进攻人类的使徒，就是第一使徒——亚当的化身。最终人类倾尽全力消灭了所有使徒，然后由人类背后最为秘密组织Seele启动了企图让全世界人类回归母体莉莉丝体内、除心之壁，最终成神的计划！
这个计划，就是大名鼎鼎的‘人类补全’计划！
