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工部的贪腐，兵部的冗沉被孙传庭毫不留情的揭露了出来。
原本所有的奏疏都应该要经过内阁之手，但是因为拥有崇祯特许的权力，孙传庭获得了密奏的权力。
密奏由东厂的厂卫直接传递到崇祯的手中。
也正是因为如此，崇祯才能够看到着一些奏疏。
这些奏疏全部都呈递上去，引发的结果便是致使崇祯勃然大怒，下令清查两部诸事，尤其是工部兵备质量奇差和贪腐成风之事。
兵部和工部两部因此遭受了整顿。
得到了整顿之后的兵部办事效率提升了不少，而工部制作出来的军械质量也得到了不小的提升。
作为始作俑者的孙传庭，也因此遭到了更多的非议和敌视，弹劾攻讦孙传庭的奏疏几乎连日不休，积满了内阁的桌台。
对于这些上呈而来的弹劾奏疏，崇祯全都是留中不发。
不过从一开始的斥责弹劾之人，再到后面的沉默，明显能够看得出来崇祯态度的变化。
三人成虎，众口铄金，不过这些都并非是崇祯对于孙传庭态度转变深层的原因。
改变崇祯看法的，是因为在他答允了孙传庭的所有请求之后，最后却没有见到多少的成效。
而最后让崇祯对孙传庭产生厌恶的则是，孙传庭在十二月时，竟上疏请辞保定总督，理由竟然是伤风久治不愈，竟致使双耳失聪。
京师紫禁城，西暖阁之中，崇祯怒气冲冲，一把将手中的奏疏丢到了地上。
