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于是乎，给自己找好了理由的马融，决定应邓骘的征召出仕。
到了永初四年，马融便被拜为校书郎，到东观典校秘藏书籍。当时是邓太后掌权，邓骘兄弟辅政。一般浅见的儒生学士，都认为文德可兴，武功宜废，于是停止了练武的制度，不讲战阵之法，因此猾贼蜂起，乘国家无备。
所以马融对此大为不满，认为文武之道，是圣贤所重视的，金、木、水、火、土，人们把它们并用，任何一个都不可废，怎能不讲武功。
所以在第二年的时候，马融完成了《广成颂》来讽谏朝廷，结果《广成颂》送上皇宫之后，得罪了当权的邓氏，所以马融只得呆在东观，十年之内都不得升迁，所以马融后来因为自己侄子的去世，于是请罪归家，结果邓太后听说后勃然大怒，认为马融不遵从朝廷的命令，想在州郡做官，于是便直接下令禁止马融为官。
然后等到了建光元年，邓太后去世之后，汉安帝亲政，于是便召还马融回到了宫中讲部，之后又让马融出任河间王厩长史，而且当时的汉安帝东巡岱宗（泰山），所以马融趁机献上了《东巡颂》，所以汉安帝对他的文才感到惊奇，于是召拜马融为郎中。
到了延光元年的时候，北乡侯刘懿即位，马融因此称病辞官，在郡里任功曹。
之后到了阳嘉二年，朝廷下诏命群臣推举敦朴之人，城门校尉岑起举荐马融，马融赶赴征召，经考核出任议郎。，之后又被大将军梁商任命为自己的从事中郎，后升任武都太守，结果遇到了当时西羌反叛，征西将军马贤与护羌校尉胡畴率军征讨，但却拖延不进，而马融知道马贤必败，于是上疏请求允许自己率关东兵五千进攻，但朝廷没有听从，之后马融又上疏认为羌人和北方少数民族，可能会来侵扰，应做好准备，不久，陇西郡的羌人造反，乌桓侵掠上郡，都如马融所说的。
马融后来经历了三次迁升，至汉桓帝在位时，马融任南郡太守，之前，持才傲物的马融因为一些事情得罪了大将军梁冀，所以梁冀就暗示有关部门诬告马融在郡里贪污，马融于是被免职剃发，流放至朔方郡，结果在流放途中，马融自杀未遂，得以免罪召还。再任议郎，又在东观校勘儒学典籍，并参与续写了《汉记》（史称《东观汉记》），后来因病离职。
