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朝廷对地方掌控力度减弱，这种弱化的结果会体现在方方面面。
放在佛教和道教头上，结果就是僧人和道士的数量增多，寺庙道观不交税的土地越来越多，一些大的寺庙道观甚至拥有上万亩土地，危害不小于地方上的士绅豪强。
这样的行为蔚然成风，这直接导致交税的人越来越少。
明朝寺院和道观的财产虽没有前朝那么多，但是数量也相当可观。
了解到这样的事实之后，萧如薰非常反感这种现象，下决心要狠狠出拳整治他们。
萧秦政权上台执政之后，隆武元年二月，萧如薰直接把象征明皇室宗教色彩的万寿宫变成了太上皇的居住地，将紫禁城内一切带有宗教性质的东西全部赶出去了，并且定下规矩，不允许北京城内有宗教建筑。
隆武元年三月，萧如薰发布了宗教政策。
他再次明确了道士与和尚出家需要朝廷给度牒才能被认同，而有权发放度牒的只有在京师内的户部宗教管理司，地方上没有权力发布度牒，度牒是三年一给，有上限。
私度完全禁止，一旦发现，立刻将私度之人和进行私度之僧侣道士及其所属寺院道观一并取缔，全部发配做苦力。
并且萧如薰还派人在全国范围内普查道观私产和寺院私产，一并登记造册，还对各地道观和寺院的年份进行统计，对道观主人和寺院方丈的身份和学识水平进行考核。
