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织田信长和丰臣秀吉先后对吉利支丹的发展采取宽容态度。
1583年，秀吉甚至亲自在大坂划出一块土地给耶稣会，供建造教堂。秀吉和几位耶稣会上层教士之间，也有不错的私人关系。
但几乎在一夜之间，丰臣秀吉忽然变脸。
1587年7月23日，刚刚统一九州的丰臣秀吉来到博多地方，在一艘葡萄牙商船上，再次会见了耶稣会日本教区负责人科埃略神父（Gaspar Coelho）。
宾主相谈甚欢。
然而，半夜时分，神父忽然被秀吉的使者叫醒，遭到了严厉的质问，内容包括：为什么要强迫东瀛人改宗？为什么要拆掉和破坏佛教和神道寺院？为什么以马、牛这样有益的牲畜为食？为什么葡萄牙人要把日本人卖到海外为奴？
这些问题都是无稽之谈。纯属子虚乌有，所以也没法解释明白。也许这就是东瀛式的欲加之罪何患无辞。
翌日，秀吉就下达了著名的《伴天连追放令》宣布天筑教则为邪教，命所有传教士在20天内离境。
1596年10月秀吉下令在京都和大坂逮捕了26名教士和信徒。
并在1597年2月，以违背禁教令为名，将他们在吉利支丹大本营——长崎公开处死。
这就是“长崎二十六人殉教事件”，从这时候开始，拉开了东瀛官方大规模清洗、迫害天筑教的序幕。
秀吉去世后，德川家康在1614年决心禁教，各地加快搜捕传教士和教徒，制造多起迫害事件。
