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而此时朱翊钧的皇长子朱常洛已经五岁了，仍然没有被立为皇太子，文官集团当然十分忧虑朱翊钧会通过将郑贵妃进封为皇后的方式，来改立朱常洵为皇太子。
万历十四二月初三，内阁首辅申时行向明神宗呈上了请求册立朱常洛为皇太子的奏疏，然而朱翊钧对此不仅没有任何反应，反而还准备将郑贵妃进封为皇贵妃。
皇贵妃距离皇后只有一步之遥，所以，朱翊钧此举几乎就是将文官集团的忧虑给坐实了。此后，户科给事中姜应麟、吏部员外郎沈璟、刑部主事孙如法等人先后上疏，不仅请求册立朱常洛为皇太子，而且提出应该先进封朱常洛的生母王恭妃、再进封郑贵妃。
姜应麟等人的上疏使得朱翊钧勃然大怒，结果导致他们被降职发配，其后为了打消朝臣们的忧虑，朱翊钧做出了“降处非为册封，恶其疑朕立幼废长”的解释。
在朱翊钧仍然没有册立朱常洛为皇太子的事实面前，他的解释明显有些苍白，所以御史孙维城和杨绍程、给事中胡时麟等人又接连上疏请求册立朱常洛为皇太子，而朱翊钧则态度强硬的表示拒绝，国本之争的大幕由此拉开。
这些事情是原历史上发生过的，而现在也同样已经发生了，不过朱翊钧还多给过一个解释：不册立太子是因为皇后还年轻，他还有诞下嫡子的希望——换句话说，皇后如若诞下嫡子，则嫡子必为皇太子。
这是高务实争取来的，因为朱翊钧也知道，高务实也是王皇后的支持者。
原历史上的万历四十二年三月，张差谋刺皇太子朱常洛的梃击案发生，朱常洵和母亲郑皇贵妃成为人们普遍怀疑的对象，朱翊钧为了保护朱常洵母子，这才被迫令朱常洵就藩洛阳，持续近三十年的国本之争宣告结束。
单从表面上来看，持续近三十年的国本之争，令大明朝廷上渐渐平息的喧闹比之前更加严重、使得朱翊钧长时间处于怠政状态，但在事实上，高务实很清楚，国本之争带给大明的不利影响远不止此。
持续近三十年的国本之争中，朱翊钧为削弱主张册立朱常洛为皇太子的文官集团的势力，采取了缺官不补的措施，根据钱穆先生在《国史大纲》中的统计，仅仅在万历二十九年“两京缺尚书三、侍郎十、科道九十四。天下缺巡抚三、布按监司六十六、知府二十五”，即使是文官们请求简补，朱翊钧也一概不听。
科道御史和巡抚是明代监察系统的核心，缺官的问题竟然如此严重，可想而知明代的监察系统在国本之争的过程中已经陷入瘫痪。
随着监察系统陷入瘫痪，万历时期吏治腐败的问题必然会大大加剧，由此导致的土地兼并、流民起义等问题必定会将大明拖入万劫不复的深渊。
持续近三十年的国本之争中，文官集团虽然一致支持册立朱常洛为皇太子，但是他们为了自身的利益又分成了东林党和齐、楚、浙、宣、昆党两派，围绕着国本之争和利益之争，这两派先后搞出了三王并封、福王之国、楚太子狱、韩敬科场案、辛亥京察、丁巳京察、妖书案、梃击案等一系列事件，甚至泰昌、天启时期的红丸案、移宫案都与此有关。
