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地球的自然环境得到恢复，不代表地下的矿物也会得到补充，原本就资源枯竭的地球在失去大量工业设施后，再也没有资格获得从资源卫星得到的物资，渐渐往农业星球的方向发展，越来越多地球居民迁向殖民卫星，追求更高的收入和更优的生活水平。
化作超时空要塞的奥布，离开前地球联邦政府、吉翁公国、PLANT所有殖民卫星的势力范围，往无边无际的宇宙进行探索。或许终有一天，他们能找到一个适合人类生存的星球扎根；或许他们要一直流浪，要塞就是唯一的家；或许他们某天碰上了外星人，要塞全体居民领便当……不过，得到了利兹从《超时空要塞世界》搬来的技术资料（芙蕾雅跑的腿），还有本世界殖民卫星的经验，奥布肯定不会因为生活资源问题而灭亡。
卡洛德和蒂法如愿登上奥布，‘最强新人类’这身份始终是非常拉仇恨的名衔，只有在这里他们才能后顾无忧地生活下去，过上童话般的生活，不用担心几年后蒂法就突然被人捉去研究、然后卡洛德自己也被搞得五感尽失、最后驾驶黑百合复仇这种事发生。
天田士郎、爱娜、穆成为奥布MS队伍的教官，毕竟预防未知的敌人的侵袭、要塞的日常维护、探索星球、采集星际间的漂流物资源，都需要越来越多会驾驶MS的新鲜血液……这一次，没有人会再厌恶坐上MS。
卡修三父子洗脱了污名，但终究与恶魔高达事件有关，为了免遭无妄之灾而跟随奥布而去，多蒙随后与莉茵结婚生子，建立东方不败流派道场，传授奇怪的格斗术。
殖民卫星五小强中，只有迪奥表示喜欢奥布的生活而留下，其余人都选择留在地球，地球上有人等着他们回去。
父亲意外身亡的阿斯兰，选择和暗生情愫的卡嘉莉一同离开，基拉则是留在拉克丝身边，为和平事业奋战，尼高尔回到PLANT后当他的钢琴家去，而完全没戏份的迪亚哥和伊扎克则留在扎多军中服役，军衔越来越高。
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奥布上的居民暂时摆脱了战争，只有区区一座城市的领土，不可能还划分楚河汉界大战三百回合，最多就是高层人物搞政变，‘砰砰砰’开几枪罢了。但考虑到卡嘉莉是将国家从灭亡边缘拯救过来的人，名望高着呢，在她也在生时大概永远不会发生这种事。
但是，地球圈可不一样。
恶魔高达事件让地球圈安静好些年，但伤好了就忘记痛了，人类就是这么一种健忘的生物。原本是盟友的吉翁公国和PLANT爆发战争，还是自然人与调整者谁优谁劣的论调，但其中有没有利益分配不均矛盾和军火贩子的挑拨离间，谁能说清？另一方面，PLANT和吉翁公国自身内部也出问题了，各殖民地发出独立的声音，当权者自然要施以各种手段进行打压。
