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1603年10月3日，不愿坐以待毙的明侨爆发大起义，但由于缺少武器和军事经验，他们仅坚持了41天。起义很快演变成一场大屠杀。
在当局的煽动和蒙骗下，包括土著、日侨在内的各方力量都参与到屠杀中。据统计，至少2万明侨在这次动乱中被杀。
大量屠杀明侨对菲律宾本土经济产生了致命的影响。
由于畏惧，明商们不敢来此地了。马尼来市场上的物资顿时开始匮乏、经济开始萧条。当局财政状况严重恶化，甚至需要借贷度日。
西班牙人忧心明人的商船不再到来第二百三十章想要入股汉唐集团
，连带着，会令遥远的美洲受到波及。
让他们更大的恐惧是，他们担心明朝政府会进行报复。西菲当局紧急加强战备，但此时的军队士气低落，口粮严重不足。
当时殖民者们只能心惊肉跳地等待，马尼拉笼罩在绝望和萧条气氛中。
那时的西班牙驻菲律宾总督阿库尼亚一面做些表面工作，如部分发还明侨商人的财产，发动幸存者给国内写信，企图证明西班牙殖民者“清白”；一面派特使奎瓦携带致广东、福建两省巡抚和其他官员的函件。
他于1603年12月10日乘船前往澳门，并趁机刺探大明政府有否进攻菲律宾打算的军事情报。考虑到澳门的葡萄牙人对大明比较了解，阿库尼亚还写了几封信，详述明侨起义事件，并附上致大明官员函件的副本，让奎瓦分发给澳门的司令官、主教、在政务方面有着较大发言权的耶稣会教士等。
但葡萄牙人出于打击贸易竞争对手的考虑，始终未将函件转交大明方面。葡萄牙人非常在乎每一次屏蔽大明的机会------只有他们才是大明的老朋友。
直到奎瓦等人抵达澳门的消息传到漳州，有经常往来漳州和马尼拉的大明富商到澳门与其会见，答应把函件转交大明官员，设法动员明侨继续贸易。
奎瓦当时在澳门了解到，明朝政府已获悉屠杀事件，但全国平静，没有集结舰只进攻马尼拉的迹象。获得这个重要情报后，奎瓦购买了一批军事物资，于5月回到马尼拉。
事实上，尽管明朝当局了解了事件真相，但它一贯把移民国外的明侨视为贱民，因此仅写了一份《谕吕宋檄》，于1605年5月底、6月初由大明贸易船队中一名船主带到马尼拉，分交菲律宾总督、马尼拉最高法院和马尼拉大主教。
檄文未对屠杀行为进一步严加追究，只要西班牙殖民当局保证明侨今后生命财产的安全，并宣布对殖民者“不忍加诛”，“其海外戕杀姑不穷治”，要求西班牙方面“当思皇帝浩荡之恩，大明仁义之大”。
这事情的处理，还真不能一味责备明朝。
